蓝菌又称蓝藻、蓝细菌、蓝绿菌或蓝绿藻。原被认为是一门藻类植物，后有人把蓝菌划为原核生物的一界，称为 蓝菌界。 单细胞个体或群体，或为细胞成串排列组成藻丝状的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝。蓝菌在地球上已存在约30亿年，是最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。已知蓝菌约2000种。在淡水和海水中，潮湿和干旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都可以发现蓝菌；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如 土壤蓝藻）。
目前蓝菌的系统发育分类仍未确定，根据色素种类可单分出类似植物的叶绿体，含有叶绿素a和叶绿素b的 原绿藻类，根据形态可分为色球藻目、 宽球藻目、颤藻目、 念珠藻目和 真枝藻目。但以上分类可能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态分类可参见细菌分类表。 是发现年代最早的化石。
蓝藻是最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。有不少蓝藻（如鱼腥藻）可以直接固定大气中的氮（原因：含有固氮酶，可直接进行生物固氮），以提高土壤肥力，使作物增产。还有的蓝藻为人们的食品，如著名的发菜和普通念珠藻（地木耳）、螺旋藻等。
在一些营养丰富的水体中，有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发，被称为“绿潮”（和海洋发生的赤潮对应）。绿潮引起水质恶化，严重时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。更为严重的是，蓝藻中有些种类（如微囊藻）还会产生毒素（简称MC），大约50%的绿潮中含有大量MC。MC除了直接对鱼类、人畜产生毒害之外，也是肝癌的重要诱因。MC耐热，不易被沸水分解，但可被活性碳吸收，所以可以用活性碳净水器对被污染水源进行净化。
