林耐完成的分类系统中，最重要的改进是对双名法的发展，并扩大应用到动物界。他根据朱西厄出（1699～1777）的提议，属名用大写，种名用小写，并统一采用拉丁文，以改变使用各国语言引起的混乱。
这样对每个动物、植物，只用两个字，就能表示其特征及在分类系统内的地位。他于一七五三年首先应用《植物的种人一七五八年，又在《自然系统》一书的第十版中，应用于动物。
由于林耐对双名法的改进及普遍应用，使自然界形态、习性、大小各异的生物，可以排成一个有规则的系统，这就为以后生物进化的研究打下了基础，成了近代生物学的一项重大成就。
林耐在鉴定大量新种的同时，还对植物的自然系统进行了探索研究。他清楚地认识到以一种器官为基础的分类系统具有片面性，因此，他认为建立自然系统是研究植物学的最高目标。他提出过若干至今认为是完全自然分类的类群；如棕涧、百合科等。
他在《植物的哲学》（1751年）中又引证了一些自然类群，但未能把自然系统看作是历史发生的“系统树”，而看成是世界地图上各国的交界。他一直很关心自然系统的研究，但是，由于难度很大，他从未认为自己可以完成这项工作。
一七五三年，在他出版的《植物种志》中，他对5938种植物进行了分类和命名。他把动物分作六类，就是四足类、鸟类、两栖类、鱼类、昆虫类。
由于林耐的分类法是按照人为选定的标准（比如生殖器官），而不是按照自然进化的亲缘关系来划分的，所以，被称为人为分类法。
林耐的重大成就就是对植物的科学命名，建立了植物的“双名命名法”，即“二名法”。将植物的命名分为两种功能，即每一种植物有两个完全的名称：一个是供日常使用的、两个或两个以上的特定名称；加一个是表示特征的、由多字组成的描”述性多词学名。
这样使过去紊乱的植物名称归于统一。对植物分类学研究的进展，起了很大的推动作用。
林耐还根据花的雄蕊数目和位置，人为地把显花植物分为二十三纲，加上隐花植物一纲，共为二十四纲，即所谓林氏二十四纲。这种分类法曾一时被广泛采用，至十九世纪才为自然分类法所代替。
林耐用人为分类法和“双名制”的命名法，使杂乱无章的关于动植物方面的知识形成了完整的体系，使生物界开始变得有规律可循了。
林耐在科学界和社会上有很大的影响，有许多追随者，不少地方成立了林耐学会。有些人把林耐和牛顿相提并论，他们认为由于牛顿的工作，天体有了次序；由于林耐的工作，生物界有了次序。
林耐本人十分狂妄，他不但对动植物分类，而且，对科学家也进行了分类，由他自己来担任总司令。
林耐和牛顿一样，也受形而上学的观点的支配，他的分类法忽视了物种之间的相互联系。他认为造物一开始创造多少物种，现在就存在多少物种，植物和动物的种类一旦产生就永远确定下来。当他附带说到杂交可能产生新种的时候，已经觉得是做了太大的让步。
法国植物学家布丰（1707～1788）认为，自然过程总是循序渐进的，可以发现许多中间物种以及一半属于这一类、一半属于那一类的物种。林耐的错误就在于他不了解自然的过程。
林耐的物种不变的观点和他的人为分类法是紧密相连的。在他所处的时代，进化论还没有建立起来，只是在进化论产生以后，人为分类法才被按进化中的亲缘关系的自然分类法所取代。
林耐的著作很多，其中最著名的有：《拉普兰植物志》（173年）、《自然系统》（1735年初版、1758年第10版）、《植物学要旨》（1736年）、《植物学书籍考》）《植物的分纲》、《植物的分属》（1737年）、《植物哲学》（1751年）、《植物分类》（1753年）、《植物之属性》（1757年）等，这些著作对今天植物的命名，仍然具有国际性的重要意义。
其中《植物的分属》一书可算是近世有系统的植物学的第一部著作，书中所收集的植物有八万多种。
《植物分类》，是林耐生平研究植物的结晶。由于他的伟大贡献，瑞典国王赐予他北极星爵士的头衔。一七五七年，他发表的论文《植物之属性》得到了圣彼得堡帝国科学院奖赏。
一七七八年的春天，正当百花盛开，万物生长的时候，林耐与他热爱的大自然长辞了！终年七十一岁。
