他们来到祭坛旁。伊翁抓住这个女人，他不知道她正是他的生母，却把她看作不共戴天的死敌；他想拖着她离开祭坛，而神圣的祭坛成了她不可侵犯的避难所。阿波罗不愿看到自己的儿子成为杀死生母的凶手。他把神谕暗示给女祭司，让她明白了事情的原委，知道她领养的孩子不是克素托斯的儿子，而是阿波罗和克瑞乌萨的儿子。她离开了三足圣坛，找出她从前在殿门口找到的盛放婴儿的小箱子，匆忙来到祭坛前，看到克瑞乌萨在伊翁的拉扯下正拼命挣扎。伊翁看到女祭司，连忙虔诚地迎上去。“欢迎你，亲爱的母亲，尽管你没有生我，可是我却愿意叫你母亲！你听说我刚刚逃脱了一场祸事吗？我才得到了父亲，他的妻子却策划谋杀我！”女祭司听后警告他说：“伊翁，请以一双干干净净的手回到雅典去！”伊翁沉思了一会，寻找着合适的回答：“杀掉自己的敌人难道没有道理吗？”“在我把话讲完以前，你千万别动手！”仁慈的女祭司说，“你看到这只小箱子了吗？你就是装在箱子里被遗弃在这儿的。”
“这只小箱子跟我有什么相干？”伊翁问。
“里面还有包裹你的麻布呢，亲爱的孩子。”女祭司说。“包裹我的麻布？”伊翁惊叫起来，“这是一条线索，它可以帮助我找到我的生母。”
女祭司给他递上开着的小箱子，伊翁热情地伸过手去，从里面取出一堆小心折叠着的麻布。他含着泪，悲伤地端量着这些宝贵的纪念物。克瑞乌萨也渐渐地恢复镇静，她一眼看到伊翁手里的麻布和小箱子，明白了真情。她跳起身来离开了祭坛，高兴地叫起来：“我的儿啊！”她说完便伸出双手紧紧抱住惊异不已的伊翁。伊翁却满腹狐疑地看着她，不情愿地挣脱了身子。克瑞乌萨往后退了几步，说：“这块麻布将证实我的话。孩子！你把它摊开，就能找到我当年给你做的标记。这块布的中间画着戈耳工的头，四周围着毒蛇，如同盾牌一样。”伊翁半信半疑地打开麻布，突然惊喜地叫了起来：“呵，伟大的宙斯，这是戈耳工，这儿是毒蛇！”
“箱子里还有一条金龙项链，”克瑞乌萨继续说，“是用来纪念厄里克托尼俄斯箱子里的巨龙的。这是送给婴儿挂在脖子上的首饰。”
伊翁在箱子里又搜索了一阵，幸福地微笑着，他找到了金龙项链。
“最后一个信物，”克瑞乌萨说，“是橄榄叶花环，这是用从雅典橄榄树上摘下来的橄榄叶编成的，是我把它戴在新生儿的头上的。”
伊翁伸手在箱子底又搜索了一阵，果然找到一个美丽的橄榄叶花环。“母亲，母亲！”他呼喊着，哽咽着，一把抱住母亲的脖子，在她的面颊上连连吻着。最后他松开了手，想去寻找父亲克素托斯。这时，克瑞乌萨对他说出了他出生的秘密，说他就是在那座神殿里忠诚地侍候了那么多年的阿波罗神的儿子。
克素托斯把伊翁看作神衹恩赐的宝贝。三人都到阿波罗神殿里，感谢神恩。女祭司坐在三足祭坛上给他们预示，伊翁将成为一个大族的祖先，即爱奥尼亚人的祖先。
克素托斯和克瑞乌萨满怀喜悦和希望，带着重新找到的儿子返回雅典，特尔斐城的居民都出门夹道欢送。
