全胜·平定叛军
康熙三十五年（1696年）三月，玄烨决定第二次亲征。他命令黑龙江军萨布素率满洲八旗和科尔沁部蒙古为东路，抚远大将军费扬古率陕甘满蒙八旗和绿营兵出宁夏为西路，自率上三旗出独石口为中路；三路大军约期会师瀚海（内蒙古呼伦贝尔湖）。由于风沙弥漫，路途遥远，中路军与其他两路大军失去了联系，康熙皇帝与将士们在茫茫的戈壁大沙漠风餐露宿，艰难跋涉了一个多月，人马的饥渴疲乏之苦难以尽述。有一段时间连续几天滴水未见，要是再没有水，中路军将全军覆没。康熙皇帝学习过西洋地理学，他亲自相地寻找水源，祷告上苍保佑将士平安，清室福祚绵延，然后命将士掘土，终于，一股清亮的泉水喷涌而出！康熙严令前锋人畜分饮，保护水源清洁，以使后续部队饮用。就这样，中路军渡过了最危难的时期。后来，行军途中又风闻沙俄派兵支援噶尔丹，大学士伊桑阿即坚请康熙回銮，康熙愤怒地斥责这种惧怕困难、遇敌畏退的论调：朕祭告天地宗庙出征，不遇贼而返，何以对天下？且大军退，则贼尽锐注攻西路，西路军不其殆乎？玄烨心中考虑的是全局，是西路大军的安危，是此次整个军事行动的成败，遂命令加快行军速度，向克鲁伦河疾驰而去。到达目的地后，康熙遣人告诉噶尔丹：御驾亲征到此！噶尔丹两耳一竖：什么？皇帝会远涉大漠，千里亲征？可登高一望使他不得不信，只见夕阳之下黄幄龙纛，旌旗猎猎，刀枪林立、盔甲耀日，人啸马嘶，军容雄壮，这种阵势完全不似千里跋涉的疲惫之师！噶尔丹心下暗暗吃惊：康熙果然厉害，治军有方，用兵如神！他未等交锋即连夜遁窜。康熙亲率健锐轻骑猛追三天，直至拖诺山下。噶尔丹心思，你康熙欺人太甚，谅你远途奔袭，至此不过强弩之末，能奈我何？遂准备在拖诺山扎营阻击，给康熙一点颜色。可他的部下官兵已是惊弓之鸟，中箭之兔，狂奔不止，一口气逃到昭莫多（今乌兰巴托市东附近），虽说摆脱了康熙追骑，但老弱辎重均亡逸，只余万人跟随。
噶尔丹逃到昭莫多正要喘口气，却遇上了先期而至的费扬古西路军。费扬古所率西路军长途行军，士饥马疲，且有很大一部分为绿营步兵，如果与噶尔丹轻骑互相冲锋对杀肯定会吃亏。他避短取长，采用反客为主之法，以绿营步兵占据昭莫多小山，大队骑兵埋伏附近丛林，只派前锋400骑迎战噶尔丹，且战且退，诱敌深入。五月二十三日，被诱入昭莫多的噶尔丹受到西路清军的三面围杀，叛军10000轻骑几乎全军覆没，连噶尔丹那个披铜甲、佩弓矢、骑怪兽、骁勇非常的红颜阿敦（蒙语，可汗的妻子叫阿敦）也当场毙命。噶尔丹仅携贴身随从数十骑突围逃命。此役沉重地打击了噶尔丹势力，他从此便一蹶不振。
