二、五、八等战区及各省之军事；桂林行营主任白崇禧，指挥长江以南第三、四、九战区及南方各省之军事。后因天水远在甘肃河西走廊，交通、指挥多有不便，行营迁往西安，遂成为西安行营；1940的昆仑关战役后，又撤销桂林行营，改为军委会桂林办公厅，军事指挥权拨归四战区司令长官部。此后又设委员长赣州行辕，协调指挥第三、四、七、九战区，主任由三战区司令长官顾祝同兼，不久因形势变化撤销。
1940年6月，宜昌战役时，军委会又重设第六、七两个战区，第六战区司令长官陈诚，作战区域为湘鄂川黔边区；第七战区司今长官余汉谋，作战区域为粤赣边区。此后，又曾设委员长昆明行营，主任龙云，作战区域为滇、越边区。
1941年12月，根据《中、英共同防御滇缅路协定》，军委会又编组中国远征军赴缅作战，司令长官卫立煌，副司令长官罗卓英、杜聿明。
1945年1月，军委会又编组中国陆军总司令部，总司令何应钦。总司令部下辖四个方面军：原滇越边区部队编为第一方面军，司令长官卢汉，作战区域为滇、越边区；原第四战区部队编组为第二方面军，司令长官张发奎，作战区域为粤、桂边区；湘桂黔边区部队编为第三方面军，司令长官汤恩伯，作战区域为湘黔边，国民党第74军等部队编为第四方面军，司令长官王耀武，作战区域为湘西。
同月，军事委员会又设委员长汉中行营，主任李宗仁，协调指挥第一、五两个战区；重设第十战区，司令长官李品仙，将安徽、湖北、河南三省交界处之大别山地区划归该战区，属汉中行营节制指挥。
1945年6月，军委会又增设第十一、十二两个战区。十一战区司令长官孙连仲，副司令长官高树勋、李延年、马法五等，作战区为河北、山东地区；
十二战区司令长官傅作义，副司令长官马占山、邓宝珊、刘多荃等，作战区 域为察哈尔、绥远、热河三省。两个战区统归新设立的军事委员会委员长北平行营（9月1日改为北平行辕）指挥，行营主任李宗仁。
抗战8年中，由于战争形势的变化以及其他种种原因，各战区司令长官，作战部队与作战区域也在不断变换。各战区司令长官变动情况大致如下：
一战区：司令长官初为蒋介石兼任；1937年下半年为程潜，1939年上半年为卫立煌；1942年为蒋鼎文；1944年7月后为陈诚；1945年1月后为胡宗南。副司令长官曾有刘峙、宋哲元、鹿钟麟、汤恩伯、冯钦哉、曾万钟、胡宗南、郭寄峤、孙蔚如等。
二战区：司令长官一直由阎锡山担任。副司令长官曾有黄绍?、蒋鼎文、朱德（1939年3月）、杨爱源等。
三战区：司令长官初为冯玉祥；1937年9月后由蒋介石兼任；12月后由顾祝同担任。副司令长官曾有唐式遵、刘建绪、黄绍?、韩德勤、上官云相等。
四战区：司令长官初为何应钦；后为张发奎。副司令长官曾有余汉谋、夏威、吴奇伟等。
五战区：1938年9月为李宗仁；1945年初为刘峙。副司令长官曾有韩复榘、李品仙、孙连仲、孙震、郭寄峤等。
六战区：1938年9月设立时为冯玉祥；1940年重设时初为商震；后为陈诚；1944年后为孙连仲；1946年后为孙蔚如。副司令长官曾有鹿钟麟、杨森、谷正伦、吴奇伟、黄琪翔、郭忏、王缵绪、冯治安、陈继承等。
七战区：1937年10月设立时为刘湘；1940年6月重建时为余汉谋。副司令长官曾有陈诚、余汉谋、蒋光鼐等。
八战区：司令长官初由蒋介石兼任；1939年1月后一直由朱绍良担任。副司令长官曾有傅作义、马鸿逵、盛世才、胡宗南等。
九战区：司令长官初为陈诚；1939年10月后一直由薛岳担任。副司令长官曾有商震、罗卓英、王陵基、杨森、王缵德等。
冀察战区：总司令初为鹿钟麟；后为卫立煌兼任；再后为蒋鼎文、高树勋。副总司令曾有石友三、庞炳勋、孙良诚、董英斌、高树勋等。
苏鲁战区：总司令初为于学忠；后为李品仙、黄琪翔。副总司令曾有沈鸿烈、韩德勤等。
