当地官军将领派兵镇压，被起义军打得落花流水，两名宋将被杀死。起义军乘胜攻进青溪县，赶跑了那儿的县官。接着，又接连打下了几十座县城，很快打到了杭州。
警报传到东京，把宋徽宗吓昏了。宋徽宗赶快派童贯带领十五万官军到东南去镇压起义。
童贯到了苏州，知道花石纲引起的民愤太大，立刻用宋徽宗的名义下了一道诏书，承认错误，并且撤销了专办花石纲的“应奉局”，把朱勔撤职。
东南的百姓看到朝廷取消了花石纲，罢免了朱勔，总算出了一口气。哪儿知道童贯正在这时候，加紧部署镇压起义的兵力呢。
童贯集中各路大军进攻，方腊不得不退回青溪，据守在山谷深处的帮源洞坚持战斗。官军不知道山路，没法进攻。就在这个节骨眼上，起义军里出了奸细，给官军引路。官军终于摸到帮源洞，方腊没有防备，被俘虏了，没多久，被押解到东京，惨遭杀害。
方腊起义虽然失败了，但是给北宋王朝一次沉重的打击。这时候，在北方也爆发了大规模的起义，起义领袖宋江等三十六人从河北起兵，在青州、齐州、濮州（都在今山省）流动作战，打得官军心惊胆颤，一听到他们打来就跑。
在山东梁山泊，也发生渔民起义。据说宋江的起义军也到过梁山泊。后来民间流传的“梁山泊好汉”“一百零八将”的故事，就是根据他们的事迹发展起来的。到了元朝末年明朝初年，小说家施耐庵把梁山泊农民起义的传说加工写成长篇小说《水浒》（浒音ｈǔ），成功地塑造了林冲、鲁智深、武松等许多梁山英雄好汉的艺术形象，成为我国文学史上优秀长篇小说之一。
